II. UN SECTEUR EN RÉFLEXION : LES ASSISES DE L'ENSEIGNEMENT SUPÉRIEUR ET DE LA RECHERCHE

A. UN PAYSAGE DE LA RECHERCHE RICHE DE POTENTIALITÉS MAIS COMPLEXE

1. Des structures multiples

Le paysage français de la recherche comprend, outre les universités qui opèrent avec les organismes de recherche au sein d'unités mixtes, 9 EPST, une quinzaine d'EPIC (dont seulement 5 relèvent de la tutelle du ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche) et 77 EPA.

Rappelons que, en outre, depuis le Pacte et la loi de 2006 sur la recherche ainsi que celle de 2007 sur la liberté et la responsabilité des universités, ont été créées de multiples strates visant à organiser le système français d'enseignement supérieur et de recherche : des structures de coordination (telles les Pôles de recherche et d'enseignement supérieur, les Alliances nationales de recherche), des structures de recherche partenariale (pôles de compétitivité, Instituts Carnot), de nouvelles fondations (RTRA, RTRS), des structures basées sur des projets (IDEX, Labex, Equipex, IHU), l'Agence nationale de la recherche (ANR), agence de financement de la recherche sur projets, et l'AERES, Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur.

En outre, les politiques publiques en faveur de la R&D et de l'innovation ont été profondément infléchies par le Programme des investissements d'avenir ainsi que par la Stratégie nationale de recherche et d'innovation (SNRI).

La SNRI a pour ambition de tracer un cadre visant à renforcer le potentiel de recherche de la France et à en tirer le meilleur parti en matière d'innovation et d'impact sur l'économie nationale. Cet effort de prospective scientifique a permis de définir principes directeurs et trois axes prioritaires de recherche pour la période 2009-2012 : rareté énergétique et de matières premières (éco-technologies), santé et bien-être (bio-technologies), société de la connaissance (technologies de l'information et nanotechnologies).

Un exercice de définition de stratégies territoriales (« Stratégie et Territoires - STRATER ») vient la compléter, pour identifier les grandes caractéristiques de chaque région française et aider à définir des stratégies de sites. Le rôle des collectivités territoriales en matière de recherche et d'innovation se renforce, avec le souci de construire un modèle de structuration conciliant différenciation et équité entre les territoires.

Le « millefeuille » est néanmoins devenu très complexe, ce qui nuit à sa lisibilité et, pour certains, à son efficience.

Ce bouleversement du système a permis aussi, incontestablement, une meilleure coordination et un partenariat plus soutenu entre les différents types d'acteurs et une plus grande transversalité. Pour votre rapporteur, tel est notamment le cas des Alliances et des pôles de compétitivité.

2. Focus sur les Alliances et les pôles de compétitivité
a) Les Alliances nationales de recherche : une coordination utile

À partir de 2009, des entités dénommées « Alliances nationales de la recherche » ont mises en place afin d'assurer une meilleure coordination des acteurs opérant dans un même secteur.

L'objectif est d'accroître l'efficacité du dispositif public de recherche, faciliter les coopérations, limiter les doublons et donner aux entreprises un interlocuteur unique dans un domaine donné.

Les cinq Alliances sont :

- l'Alliance nationale pour les sciences de la vie et de la santé (AVIESAN) ;

- l'Alliance nationale de coordination de la recherche pour l'énergie (ANCRE) ;

- l'Alliance des sciences et technologies du numérique (Allistene) ;

- l'Alliance pour l'environnement (AllEnvi) ;

- l'Alliance pour les sciences de l'homme et sociales (ATHENA).

Les Alliances s'organisent en général autour d'un ou deux acteurs principaux : l'INSERM pour AVIESAN (organisée en instituts thématiques multi-organismes qui recouvrent le champ d'application des instituts thématiques de l'INSERM), le CEA, le CNRS et l'IFP Énergies nouvelles pour ANCRE, l'INRIA pour Allistene.

Elles ont permis d'améliorer la gouvernance dans ces grandes thématiques. Ainsi, par exemple, AVIESAN constitue une avancée indéniable tant sur le plan scientifique, en permettant une vision plus globale des maladies infectieuses et des neurosciences, que sur le plan de la réactivité en cas de problème, ou encore vis-à-vis des industriels en octroyant une réelle visibilité aux acteurs du secteur impliqués.

Ceci ne suffit cependant pas à simplifier le paysage. Ainsi, auditionné par votre rapporteur, le directeur général de l'INSERM a indiqué que le nombre d'instances dans lesquelles l'INSERM est présent s'élève à plus de 300 structures, ce qui pose de façon évidente des problèmes de gouvernance. Il suggère notamment le regroupement des fondations à vocation nationale sous une seule entité de gestion.

b) Les pôles de compétitivité

La politique des pôles de compétitivité se trouve à l'intersection de trois ensembles de politiques publiques : les politiques de R&D et d'innovation, la politique industrielle et la politique d'aménagement du territoire.

Une étude du cabinet Erdyn, du 15 juin 2012, portant sur l'évaluation des pôles de compétitivité conclut à la nécessité de reconnaître « de façon claire le rôle éminent des pôles pour l'attractivité du site France » .

Elle avance les recommandations suivantes :

- pertinence : reconduire la politique des pôles de compétitivité

- cohérence : redéfinir le positionnement de la politique des pôles dans la stratégie industrielle de l'État et dans le système d'appui à l'innovation ;

- efficacité : réaffirmer la compétitivité comme objectif principal, au coeur du métier des pôles et passer de «l'usine à projets » à « l'usine à croissance » ;

- efficience : consolider le rôle du fonds unique d'investissement ;

- pérennité : assurer une plus grande robustesse financière des pôles.

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