3. Les principales observations de votre rapporteur spécial

a) Un recentrage bienvenu des missions de l'ANR

Votre rapporteur spécial apprécie l'évolution de la répartition des crédits et des missions de l'ANR , qui correspond exactement aux orientations préconisées dans le dernier rapport budgétaire de votre commission des finances sur la MIRES .

D'une part, plusieurs tâches qui ne correspondent pas au « coeur de métier » de l'agence , c'est-à-dire le financement de la recherche sur projets, ont été sorties de son périmètre pour un total de 79,5 millions d'euros . C'est le cas :

- de la mutualisation de la valorisation entre les établissements d'enseignement supérieur et les organismes ;

- des actions régionales, dont celles relevant des CPER 2007-2013 ;

- des dépenses d'accompagnement des projets de créations d'entreprises par le biais des 30 incubateurs dédiés ;

- des infrastructures mutualisées du vivant ;

- du concours d'entreprises innovantes (cofinancé par OSEO).

Par ailleurs, comme cela a été indiqué dans les observations relatives à la mission, la répartition des crédits entre programmes de l'ANR a évolué afin de prendre en compte les exigences du Grenelle de l'environnement .

b) Des modalités d'évaluation à clarifier

Votre rapporteur spécial a déjà souligné l'importance du rôle de l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur (AERES), au coeur du dispositif d'évaluation national de la recherche .

Créée par la loi de programme pour la recherche du 18 avril 2006, l'AERES, dont l'organisation et le fonctionnement sont précisés par le décret n° 2006-1334 du 3 novembre 2006, a été installée le 21 mars 2007. Il s'agit d'une autorité administrative indépendante chargée d'évaluer les établissements d'enseignement supérieur et les organismes de recherche, l'activité de recherche des unités de recherche, les formations et les diplômes des établissements d'enseignement supérieur .

Votre commission des finances a auditionné, en commun avec la commission des affaires culturelles, M. Jean-François Dhainaut, président de l'AERES, le 16 juillet 2008.

Si, à cette occasion, votre rapporteur spécial a salué les débuts prometteurs de l'agence (dont il est membre du conseil), il lui semble essentiel de poursuivre le travail de clarification des compétences en matière d'évaluation . En effet, il ne s'agirait pas que le maintien de structures propres d'évaluation au sein des organismes publics de recherche (où figurent parfois des représentant élus du personnel) ne vienne brouiller l'action de l'AERES. Il s'agira d'obtenir des précisions sur ce sujet essentiel lors du débat en séance publique.

c) Responsabiliser les organismes de recherche comme les universités en matière d'emploi

Le secteur de la recherche n'est pas soumis, en 2009, à la règle du non-remplacement d'un départ à la retraite sur deux. Toutefois, 450 postes ne seront pas remplacés (soit un départ à la retraite sur douze) : il s'agit de 225 postes d'allocataires de recherche qui n'étaient en fait pas pourvus et de 225 post-doctorants du ministère. Cette suppression est liée à la montée en puissance des financements des post-doctorants par l'ANR.

Votre rapporteur spécial n'a donc pas d'observation particulière concernant le niveau de l'emploi scientifique.

Pour autant, il estime nécessaire que les organismes publics de recherche, en particulier les établissements publics à caractère scientifique et technologique (EPST), puissent bénéficier des facultés ouvertes aux universités autonomes pour ce qui concerne la gestion de leur personnel.

C'est pourquoi il salue l'initiative de notre collègue député Daniel Garrigue qui a soutenu un amendement au présent projet de loi de finances tendant à permettre aux EPST de recruter des personnels en contrat à durée indéterminée afin de renforcer l'attractivité des carrières de chercheurs . Cette possibilité est d'ailleurs une recommandation de la révision générale des politiques publiques (RGPP). S'il est vrai qu'un projet de loi de finances n'est sans doute pas le meilleur support pour une telle réforme (Daniel Garrigue a retiré son amendement sur ce motif), celle-ci devra être reprise sans tarder.

d) Crédit d'impôt recherche (CIR) : une montée en puissance prometteuse mais à examiner à la loupe

Votre rapporteur spécial observe avec intérêt la montée en puissance du CIR , sous l'effet de la réforme de la loi de finances pour 2008 (article 69) qui a consisté, pour l'essentiel, au triplement de sa part « en volume » (qui atteint désormais 30 % des dépenses de R&D engagées), à la suppression de sa part « en accroissement » et à son déplafonnement.

Cette dépense fiscale doit augmenter de 620 millions d'euros en 2009 pour dépasser 2 milliards d'euros .

Votre rapporteur spécial soutient le principe du CIR qui a un effet structurant sur notre industrie et une grande visibilité à l'international. Néanmoins, au vu des sommes engagées, une évaluation précise de ses effets apparaît indispensable. Il s'agit de vérifier, d'une part, le caractère incitatif de la mesure pour les grandes entreprises, qui ne doivent pas bénéficier seulement d'un « effet d'aubaine ». Et, d'autre part, de s'assurer auprès des PME du caractère structurant du développement de la R&D, en termes d'innovation et de compétitivité. Votre rapporteur spécial compte donc orienter vers ce sujet ses prochains travaux de contrôle budgétaire.

e) Institut Pasteur de Paris : un « coup de pouce » bienvenu

Comme indiqué supra , l'Assemblée nationale, adopté à l'initiative de notre collègue député Daniel Garrigue, rapporteur spécial de la commission des finances, a abondé de 2 millions d'euros supplémentaires les crédits alloués à l'Institut Pasteur de Paris, en diminuant à due concurrence les crédits consacrés aux avances remboursables aux industriels de l'aéronautique (programme 190).

Votre rapporteur spécial approuve cette initiative, qui permet de soutenir une fondation reconnue d'utilité publique dont le financement public stagne en crédits courants depuis de nombreuses années, alors même qu'elle contribue au rayonnement de notre pays dans le monde, comme l'illustre avec éclat l'attribution du prix Nobel de médecine 2008 aux professeurs Luc Montagnier et Françoise Barré-Sinoussi.

Synthèse des principales observations de votre rapporteur spécial

- L'évolution de la répartition des crédits et des missions de l'ANR , qui correspond aux orientations préconisées dans le dernier rapport budgétaire de votre commission des finances sur la MIRES, est particulièrement appréciable.

- Il est nécessaire que les EPST puissent bénéficier des facultés ouvertes aux universités autonomes pour ce qui concerne la gestion de leur personnel et puissent, en particulier, embaucher des personnels en CDI.

- La montée en puissance du CIR doit favoriser l'effort de R&D des entreprises sur le territoire national. Il convient d'évaluer l'efficacité de cette importante dépense fiscale.

- L'octroi de 2 millions d'euros de crédits supplémentaires à l'Institut Pasteur de Paris à l'initiative de l'Assemblée nationale est tout-à-fait bienvenue. Pour financer cette mesure, il a été nécessaire de diminuer à due concurrence les crédits consacrés aux avances remboursables aux industriels de l'aéronautique (programme 190).

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