La protection des enfants est l'un des nombreux combats menés par Schoelcher.
En 1878, il préside la réunion annuelle de la Société nationale des Amis de l'Enfance, insistant sur l'importance du devoir maternel.
La même année, il signe la proposition de loi Bérenger pour le rétablissement des tours : il s'agit de procurer une assistance et une protection aux mères en difficulté et aux enfants délaissés, par le biais de tours organisés dans les arrondissements, subventionnés et contrôlés par l'État et les départements.
La proposition est rejetée.
Schoelcher prend également part à plusieurs débats sur les conditions de travail des enfants, défendant notamment l'idée d'une baisse des cadences au sein de la commission sur les heures de travail pour les femmes et les enfants (1881).
Enfin, en 1882, il présente au Sénat un important rapport sur les enfants abandonnés, après une enquête approfondie en Angleterre.
Il y prône l'ouverture d'écoles de réformation pour prendre en charge ces enfants et leur éviter de sombrer dans la délinquance. Il participe également à l'élaboration d'un texte sur la déchéance paternelle en cas de maltraitance ou d'abandon.