La vie officielle de Mérimée commence dès le mariage d'Eugénie avec Napoléon III en 1853. La nouvelle impératrice a beaucoup d'affection pour lui. Il participe aux déplacements officiels, est invité dans toutes les résidences impériales : Saint-Cloud, Compiègne, Fontainebleau, les Tuileries, Biarritz, aux grandes réceptions comme aux petits dîners. Il amuse par ses bons mots, brille par sa conversation, distrait par ses charades. Quant à sa fameuse dictée, il n'est pas certain qu'il en soit l'auteur. Il se définit lui-même comme "le bouffon de l'impératrice".
A plusieurs reprises, l'Empereur, sans doute à l'instigation de l'Impératrice, lui offre des postes honorifiques : le secrétariat des commandements de l'Impératrice qu'il refuse, la direction des archives dont il ne veut pas davantage : "l'Empereur a eu la bonté de m'offrir une très belle place. Mais je lui ai répondu que je tenais à mes vieux monuments et aux vauriens d'architectes qui les réparent".
Finalement, devant l'insistance de Mme de Montijo, il accepte en 1853 d'être nommé sénateur.
Eugénie est l'une de ses lectrices les plus assidues ; c'est devant elle, dans un des salons des Tuileries, qu'a lieu la première lecture de Lokis, l'une des dernières oeuvres de Mérimée.
Jusqu'à la fin de sa vie, il reste l'un des fidèles de l'Impératrice, et bien que très malade, il regrette de n'avoir pu la saluer une dernière fois lors de son départ en exil en 1870.