Question de M. GUÉRINI Jean-Noël (Bouches-du-Rhône - RDSE) publiée le 13/05/2021

M. Jean-Noël Guérini appelle l'attention de M. le ministre des solidarités et de la santé, sur la surveillance moléculaire du virus SARS-CoV-2.
La technique de séquençage lit les 30 000 nucléotides du génome du virus. Contrairement au criblage, plus partiel, elle permet de détecter ses mutations et d'identifier ses nouveaux variants. Elle donne également des informations sur sa date d'apparition, son origine géographique, sa vitesse de propagation…
Malheureusement, la France accuse un retard certain : sur la base de données mondiale GISAID (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data), elle publie, début mai 2021, à peine plus de 4 séquences pour 1000 cas déclarés de Covid-19 contre presque 81 pour le Royaume-Uni ou 192 pour le Danemark.
Pourtant, le séquençage s'avère essentiel, non seulement en raison de la suractivité liée au coronavirus, mais également dans des domaines comme l'oncologie pour le diagnostic, l'adaptation de thérapie, le dépistage… Pour l'organisation mondiale de la santé (OMS), une meilleure capacité de séquençage est d'ailleurs une priorité et aidera « à mieux comprendre le monde des agents pathogènes émergents et leurs interactions avec les humains et les animaux ».
En conséquence, il lui demande ce qui est envisagé afin de pouvoir séquencer à la hauteur des besoins.

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Réponse du Ministère des solidarités et de la santé publiée le 12/08/2021

L'avis du Conseil scientifique du 24 mai 2021 souligne la nécessité de renforcer les activités de surveillance moléculaire notamment par séquençage afin de soutenir la surveillance épidémiologique et virologique des infections par le SARS-CoV-2. Dans ce cadre, un consortium (EMERGEN) a été mis en place par Santé Publique France et l'Agence nationale de recherches sur le sida et les hépatites virales - Maladies Infectieuses émergentes (ANRS-MIE). Il a pour objectif de déployer sur le territoire national un système de surveillance génomique des infections (virales, bactériennes, etc.). Dans le cadre spécifique du SARS-CoV-2, son objectif est de décrire et de suivre la surveillance des variants déjà connus ainsi que de détecter les nouveaux variants afin de dresser une cartographie exhaustive des types de variants circulant en France et de contribuer à la détection de leur émergence. Pour mener à bien cette mission, le consortium repose sur différents outils : (1) une collecte d'échantillons aléatoires (par le biais d'enquêtes dites « Flash ») ou intentionnelle (séquençage dans le cadre de clusters), (2) la mise en place de quatre plateformes de séquençage à haut débit (CNR - Institut Pasteur de Paris, CNR - Hospices civils de Lyon, APHP CHU Henri Mondor à Créteil et l'IHU de Marseille) pour centraliser l'analyse de ces échantillons. Ainsi près de 56 000 séquences ont été produites en France entre la 5ème et la 18ème semaine de l'année 2021, permettant de respecter les critères du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) qui prescrivent la production d'au moins 500 séquences ou au moins 10% des cas séquencés par semaine. L'activité réelle de séquençage du SARS-CoV-2 basée sur le nombre de prélèvements reçus est visible sur le site internet de Santé publique France. Par ailleurs, les variations génétiques du SARS-CoV-2 sont également surveillées au niveau mondial. Dans ce cadre, les laboratoires français contribuent à la collecte internationale de données de séquençage du génome complet du SARS-CoV-2 à travers la plateforme GISAID (Global initiative on Sharing Avian Influenza Data), initialement crée pour le virus de la grippe. En France et depuis le début de l'épidémie, près de 12 000 séquences du virus avaient été publiées, au début de mars 2021, sur cette base de données par des laboratoires français. La surveillance épidémiologique française se fonde sur des capacités de séquençage génomique renforcées à l'échelle du territoire national, aptes à la détection de « variants préoccupants » ou de « variants à suivre ».

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