C’est ce que l’on retient en général de l’œuvre de Jules Ferry : il est vrai que c’est peut-être son action dans ce domaine qui a contribué le plus durablement à installer la République.

Le 15 mars 1879, Jules Ferry dépose sur le bureau de la Chambre deux projets de loi. Le premier prévoit une réforme du Conseil supérieur de l’instruction publique et le second un aménagement substantiel de l’enseignement supérieur. Il s’agit d’un premier pas vers la laïcité car Jules Ferry veut en fait éliminer les ecclésiastiques des conseils académiques et des facultés d’État. L’article 7 du second projet provoque un vrai tollé puisqu’il interdit aux membres des congrégations non autorisées d’enseigner : 500 congrégations sont concernées dont les Maristes, les Jésuites et les Dominicains.

A la rentrée parlementaire de 1880, une série de nouveaux projets sont déposés, concernant la gratuité et la laïcité de l’enseignement des jeunes filles. Malgré de fortes réticences d’une partie de l’opinion publique et du Sénat (qui repousse l’article 7 en mars 1880 par 148 voix contre 129 grâce à la défection du centre-gauche de Jules Simon), plusieurs lois sont votées entre 1881 et 1884, lois dont la philosophie générale a pu être résumée dans les trois termes " gratuité, obligation, laïcité ". La gratuité est votée en juin 1881, l’obligation scolaire (entre 6 et 13 ans) en mars 1882 comme la laïcité. De plus, une École normale de jeunes filles est fondée à Sèvres.

Jules Ferry a donc tenu la promesse qu’il avait faite à Paris le 10 avril 1870 : " je me suis fait un serment : entre toutes les nécessités du temps présent, entre tous les problèmes, j’en choisirai un auquel je consacrerai tout ce que j’ai d’intelligence, tout ce que j’ai d’âme, de cœur, de puissance physique et morale, c’est le problème de l’éducation du peuple ".