Sur proposition de Gaston Doumergue, ministre de l'instruction publique et des beaux-arts, le Président de la République , Armand Fallières, fixe au 4 juin 1908 la date de la translation des cendres d'Émile Zola. La veille au cimetière Montmartre, on procède à l'exhumation du corps en présence de Mme Zola et du fils de l'écrivain. Plus de trois cents personnes défilent alors devant le caveau entr'ouvert pour un ultime hommage. Le convoi funèbre part en fin d'après-midi et il est accueilli au Panthéon par un représentant du ministre de l'intérieur, le sous-secrétaire d'État aux beaux arts, le commandant Dreyfus et quelques personnalités. Le cercueil est placé dans la nef centrale du monument sur un catafalque de douze mètres de haut.  

Le 4 juin, la cérémonie commence à 9h30 par un programme musical en présence du Président de la République , de Georges Clemenceau, président du Conseil, des ministres et sous-secrétaires d'État, des présidents et membres des bureaux du Sénat et de la Chambre des députés, des parlementaires, des corps constitués et de nombreuses personnalités civiles et militaires. 

Gaston Doumergue, au nom du gouvernement, prononce un discours exaltant celui qui « connut les égarements et les fureurs de la foule qui hurle la mort et qui veut le sang de ceux qui se refusent à flatter ses passions et à partager ses erreurs ». Un défilé militaire termine la Panthéonisation.  

Cependant, la volonté du gouvernement d'honorer la mémoire de Zola soulève bien des contestations. Le 3 juin, ont lieu plusieurs manifestations : le matin, une centaine d'étudiants en droit tentent de forcer les grilles du Panthéon durant la répétition du programme musical ; en fin d'après-midi, quatre à cinq mille personnes essayent d'interdire l'accès de la place du Panthéon au cortège funèbre ; durant la soirée, aux cris de « Vive Zola » ou de « A bas Zola », des groupes s'affrontent. Le jour même de la cérémonie, deux cent cinquante personnes sont arrêtées pour cris injurieux. Au moment où s'achève le défilé des troupes, un homme tire deux coups de feu sur le commandant Dreyfus, qui n'est que légèrement blessé. Immédiatement arrêté, Louis Grégori, journaliste, rédacteur à la France militaire et au Gaulois, déclare que son intention n'était pas homicide mais une protestation contre la participation, qu'il juge humiliante et scandaleuse, de l'armée à cet hommage à l'auteur de La Débâcle. Il précise la signification de son tir : « la livraison des documents, qui n'est pas douteuse pour un homme de bonne foi, faite par la capitaine Dreyfus à l'étranger avait été faite en écrivant de la main droite et c'est à la main droite que je visais ». Jugé en septembre 1908 par la cour d'assises de la Seine , Grégori sera acquitté.